L'homme d'affaires Naka charge le tueur à gages Sho de retrouver et délivrer son épouse kidnappée Sae. Il se trouve que le chef des kidnappeurs, Ko, a assassiné quelques années plutôt la fiancée de Sho, l’occasion pour lui de faire d’une pierre deux coups.

« Il est temps de se réveiller » répète plusieurs fois Sho afin de ranimer la kidnappée. De fait, Une Poupée gonflable dans le désert est un film-rêve, à la structure fragmentaire, aux accents presque lynchéens, naviguant entre le "pink" et le noir dans un voyage mental nous perdant dans ses méandres. Le film est culte au Japon, on comprend pourquoi.